机构职能：
（一）贯彻和执行国家海洋管理､环境保护､水上交通安全､航海保障､船舶和水上设施检验等方面的法律､法规和规章｡
（二）按照授权,负责辖区内船舶登记工作;负责规定范围内船舶法定配备的操作性手册与文书审核签发工作;负责受理外国籍船舶(包括港澳地区船舶)进入本辖区未开放水域或港口的申请工作,并上报上级海事机构｡
（三）按照授权,负责辖区内船员和海上设施工作人员适任资格､培训､考试和发证管理工作､船员服务簿发放及管理､船员专业与特殊培训管理及考试发证工作｡
（四）负责组织辖区内船舶防台､水上搜寻救助工作;按照管理权限,负责辖区水上交通事故､船舶污染事故､水上交通违章案件的调查处理工作｡
（五）按照授权,负责实施辖区内港口国管理､船舶安全检查､国际航行船舶进出口岸查验､国内航行船舶进出港签证､强制引航监督､船舶载运危险货物及其他货物的安全监督､靠泊安全监督､防治船舶污染水域监督等工作｡
（六）负责辖区内通航环境管理与通航秩序维护工作;按照授权,负责辖区水上水下施工安全技术状况审核､锚地和重要水域划定､港区岸线使用审核､航行警(通)告发布等工作｡
（七）按照管理权限,负责本局机关和所属机构的海事业务､法制､财务､资产､规费征收､基本建设､干部人事､劳动工资､计划装备､科技教育､党群和精神文明建设等工作｡
（八）承办中华人民共和国江苏海事局交办的其他事项。
机构设置：
南京海事局下设11个内设机构：办公室、人事教育处、装备信息处、财务会计处、指挥中心(搜救中心办公室)、通航管理处、执法督察处、船舶监督处、船员管理处、危管防污处、党群工作部(纪检监察处)；3个处室办事机构：政务中心、船舶交通管理中心、海巡执法支队；6个派出机构：南京龙潭海事处、南京大厂海事处、南京新生圩海事处、南京栖霞海事处、南京梅山海事处、南京浦口海事处。
负责人：葛同林
联系方式：025-58802263
办公时间：8:30-12:00，14:00-17:30
地址：南京市鼓楼区郑和中路110号